Hlavním cílem Programu je prostřednictvím výstupů a dopadů z podpořených projektů přispět ve střednědobém i dlouhodobém horizontu ke zlepšování zdraví české populace a pokračovat v zabezpečení aktuálních potřeb ve zdravotnictví v České republice.

Hlavním cílem Programu je prostřednictvím výstupů a dopadů z podpořených projektů přispět ve střednědobém i dlouhodobém horizontu ke zlepšování zdraví české populace a pokračovat v zabezpečení aktuálních potřeb ve zdravotnictví v České republice. V rámci podpořených projektů bude dosaženo nových poznatků, které přispějí ke zlepšení klinických postupů v diagnostice, léčbě a prevenci při řešení nejčastějších, ale i vzácných nebo zcela nových onemocnění. Cílem Programu je také přispět k tomu, aby úroveň zdravotnického výzkumu v České republice byla srovnatelná s vyspělými státy Evropské unie.

Program má tři hlavní oblasti: Vznik a rozvoj chorob; Nové diagnostické a terapeutické metody a Epidemiologie a prevence nejzávažnějších chorob, které se dále dělí na 21 podoblastí a 43 dílčích cílů. Specifické cíle charakterizují jednotlivé podoblasti. Tematické vymezení Programu je plně v souladu a vychází z Národních priorit orientovaného výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, resp. z Priority 5: Zdravá populace a dále z Národní strategie pro vzácná onemocnění na léta 2010-2020. Poskytovatel upřesní požadavky na odborné zaměření návrhů projektů, tj. i charakteristiku jednotlivých cílů v zadávacích dokumentacích zveřejněných při vyhlášení jednotlivých veřejných soutěží.

V rámci Programu jsou naplánovány celkem 4 veřejné soutěže s tím, že první soutěž bude vyhlášena již v roce 2019 se zahájením poskytování podpory v roce 2020. Celkové výdaje za dobu trvání Programu v letech 2020 až 2026 se předpokládají ve výši 6 050 mil. Kč, z toho 5 500 mil. Kč z výdajů státního rozpočtu na výzkum, vývoj a inovace, přičemž financování Programu bude realizováno podle možností státního rozpočtu.

Program je členěn na dva podprogramy, kdy kritériem pro rozdělení je věk řešitelů. Podprogram 2 je zaměřen na podporu mladých výzkumníků do 35 let. Bližší podmínky k oběma podprogramům budou uvedeny v zadávacích dokumentacích k jednotlivým veřejným soutěžím.

Program je podle článku 108 odst. 3 Smlouvy o fungování Evropské unie vyňat z oznamovací povinnosti, neboť splňuje podmínky nařízení Komise. Nejvyšší povolená intenzita podpory na jeden projekt může být v souladu se zákonem č. 130/2002 Sb. a nařízením Komise pro projekty, jichž se účastní pouze výzkumné organizace, až 100 % celkových uznaných nákladů, a to na nehospodářské činnosti výzkumných organizací dle bodu 19 a následující Rámce pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací. Pro projekty, jichž se účastní podniky, budou nejvyšší povolené intenzity podpory pro aplikovaný výzkum a jednotlivé kategorie příjemců a dalších účastníků posuzovány podle článku 25, odst. 5 a 6 nařízení Komise.

Program bude realizován podle: • zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací), ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon č. 130/2002 Sb.

Program bude realizován podle:
• zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací), ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon č. 130/2002 Sb.“);
• nařízení Komise (EU) č. 651/2014 ze dne 17. června 2014, ve znění novely, která byla provedena nařízením Komise č. 2017/1084 ze dne 14. června 2017, kterým se
v souladu s články 107 a 108 Smlouvy o fungování EU prohlašují určité kategorie podpory za slučitelné s vnitřním trhem, Úřední věstník EU L 187 ze dne 26. 6. 2014, str. 1 (dále jen „nařízení Komise“);
• Rámce pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací - Úřední věstník Evropské unie ze dne 27. 6. 2014, (2014/C 198/01) (dále jen „Rámec“);
• a podle ostatních souvisejících předpisů.
Program je podle článku 108 odst. 3 Smlouvy o fungování EU vyňat z oznamovací povinnosti, neboť splňuje podmínky nařízení Komise.
V rámci tohoto Programu je vyloučeno vyplácení podpory ve prospěch podniku splňujícímu definici podniku v obtížích uvedenou v č. 2, odst. 18 nařízení Komise. Rovněž je vyloučeno vyplacení jednotlivé podpory ve prospěch podniku, vůči němuž byl v návaznosti
na rozhodnutí Komise, na základě kterého/jímž byla podpora obdržená od poskytovatele
z České republiky prohlášena za protiprávní a neslučitelnou s vnitřním trhem, vystaven inkasní příkaz, který je nesplacený.
Program bude realizován v souladu s Národními prioritami orientovaného výzkumu, experimentálního vývoje a inovací (dále jen „Priority VaVaI“), které byly schváleny usnesením vlády České republiky č. 552 dne 19. července 2012 a v souladu s dokumentem Implementace Národních priorit orientovaného výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, schváleným usnesením vlády České republiky č. 569, dne 31. července 2013. Program je
v souladu s klíčovými oblastmi změn Národní výzkumné a inovační strategie pro inteligentní specializaci České republiky (Národní RIS3 strategie), která byla schválena usnesením vlády České republiky ze dne 11. července 2016 č. 634. Poskytovatel si vyhrazuje možnost vyhlašování tematicky orientovaných veřejných soutěží zaměřených na priority Národní RIS3 strategie. Program je dále v souladu s „Národní strategií pro vzácná onemocnění na léta 2010-2020“, kterou schválila svým usnesením ze dne 14. června 2010 č. 466 vláda České republiky. Program dále zohledňuje Health 2020, strategický dokument WHO, Koncepci hygienické služby a primární prevence v ochraně veřejného zdraví.