zajištění mezinárodně srovnatelné úrovně zdravotnického výzkumu a využití jeho výsledků pro zlepšení zdraví české populace a pro zabezpečení aktuálních potřeb zdravotnictví v České republice

zajistit rozvoj zdravotnického a lékařského výzkumu v České republice jako základního zdroje nových klinických postupů při diagnostice, léčbě a prevenci ve zdravotnictví

zvýšit důraz poskytovatele na kvalitu výsledků výzkumu, rozvíjet vnitřní systém hodnocení výsledků výzkumu za účelem jejich lepšího uplatnění při poskytování zdravotních služeb

zvýšit konkrétní přínos výzkumu zdravotní péči (především diagnostice, terapii a prevenci)

zjistit a zvýšit účinnost diagnostických a léčebných postupů

rozšířit spolupráci se špičkovými zahraničními pracovišti a týmy, vytvořit podmínky k jejímu rozvoji

zlepšit propojení a návaznosti základního a aplikovaného výzkumu

promítnout aktuální hodnocení zdravotního stavu naší populace do priorit našeho zdravotnického výzkumu

zlepšit a zajistit primární prevenci a podporu a ochranu zdraví

zajistit kontinuitu našeho zdravotnického výzkumu s rozvojem světové vědy

podpořit excelenci v oblasti výzkumu

vytvořit podmínky podporující širší zapojení mladých výzkumných pracovníků

zabezpečit další rozvoj stávajících špičkových výzkumných zdravotnických pracovišť

využít výsledků výzkumu v pre i postgraduálním vzdělávání lékařů i ostatních pracovníků ve zdravotnictví,

využít výsledků výzkumu pro prezentaci zdravotnických zařízení i regionů